이 세상의 끝에서 사랑을 노래하는 소녀 YU-NO 주인공 아리마 타쿠야는 유년기에 어머니를 잃고, 역사학자인 아버지 역시 2개월 전에 있었던 사고로 잃었다. 모든 일에 활력을 잃어버린 고등학생 최후의 여름방학. 어느 날, 용도불명의 둥근 거울과 유리 구슬이 박힌 묘한 물체가 들어있는 소포가 배송된다. 동봉되어 있는 편지에는 아버지가 살아있다고 생각되는 내용이…?! "오늘 밤 10시에, 이 물체를 가지고 켄노미사키로 가라" 지시를 따라 그 장소에 가보니, 수수께끼의 여성이 쓰러져 있었다. 그곳에는 학원장과 수수께끼의 전학생 모습도 있었다. 순간, 땅울림과 함께 빛에 감싸인다…. …